Расписание
  • Учебные дни: 03-09 июня
  • Занятия начинаются в 10.00 и заканчиваются в 18.00
  • Обед с 14:00 до 15:00 (время обеда ориентировочное)
Суббота,
03 июня

Анализ данных секвенирования
Преподаватель - Андрей Айгинин (онлайн)
10:00 – 10:10 Сбор и знакомство
10:10 – 11:45 Контроль качества прочтений
Тримминг прочтений, удаление праймеров и адаптеров
11.45 –12.00 Перерыв
12:00 – 14:00 Выравнивание прочтений на референсный геном
14.00 – 15.00 Обеденный перерыв
15:00 – 16:30 SNV calling, значения полей VCF-файла, его фильтрация
16.30 –16.45 Перерыв
16:45 – 18:00 Подготовка пайплайна для анализа данных секвенирования
Воскресенье
04 июня
Аннотация вариантов
Преподаватель-Алексей Баринов
10:00 – 10:10 Сбор, обсуждение вопросов
10:10 - 11:45 SNV и CNV сalling (DEEPSNV , ONCOCNV)
11.45 –12.00 Перерыв
12:00 – 14:00 Аннотация SNP/indel
14.00 – 15.00 Обеденный перерыв
15:00 – 16:30 Аннотация CNV
Критерии оценки патогенности вариантов
16.30 –16.45 Перерыв
16:45 – 18:00 Поиск и фильтрация вариантов с клинической значимостью
Понедельник,
05 июня

Сборка геномов
Преподаватель -Алина Мацвай
10:00 – 10:10 Сбор, обсуждение вопросов
10:10 – 11:45 Препроцессинг данных для сборки геномов
11.45 –12.00 Перерыв
12:00 – 14:00 Сборка геномов de novo, программа SPAdes, алгоритм программы
14.00 – 15.00 Обеденный перерыв
15:00 – 16:30 Алгоритм сборки геномных последовательностей на примере вирусных геномов
16.30 –16.45 Перерыв
16:45 – 18:00 Алгоритм сборки коротких геномных последовательностей из метагенома
Вторник,
06 июня
Филогенетический и эволюционный анализ
Преподаватель - Надежда Потапова
10:00–10:10 Сбор, обсуждение вопросов
10:10–11:45 Основы филогенетического анализа
11.45–12.00 Перерыв
12:00–14:00 Построение множественного выравнивания и филогенетического дерева
14.00 – 15.00 Обеденный перерыв
15:00 – 16:30 Популяционно-генетический и эволюционный анализ
16.30 –16.45 Перерыв
16:45 – 18:00 Поиск данных
Среда
07 июня
Анализ метагеномных данных
Преподаватель - Алина Мацвай
10:00–10:10 Сбор, обсуждение вопросов
10:10–11:45 Программы для таксономической идентификации организмов
11.45–12.00 Перерыв
12:00 –14:00 Алгоритм программы blast, настройки программы
Алгоритм программы Kraken2, настройки программы
14.00 – 15.00 Обеденный перерыв
15:00 – 16:30 Таксономическая идентификация бактерий, грибов и вирусов
16.30 –16.45 Перерыв
16:45 – 18:00 Анализ вывода программ blast и kraken2
Четверг,
08 июня
Анализ данных РНК секвенирования
Преподаватель- Ксения Дейниченко
10:00–10:10 Сбор, обсуждение вопросов
10:10 – 11:45 Картирование прочтений, контроль качества
Количественный подсчет и нормализация
11.45 – 12.00 Перерыв
12:00 – 14:00 Анализ дифференциальной экспрессии: многофакторные модели, контрасты
Поправка на множественное тестирование
14.00 – 15.00 Обеденный перерыв
15:00 – 16:30 Биологические пути и enrichment-анализ
16.30 –16.45 Перерыв
16:45 – 18:00 Визуализация результатов
Пятница,
09 июня
Анализ данных scRNAseq
Преподаватель- Сергей Исаев
10:00–10:10 Сбор, обсуждение вопросов
10:10 - 11:45 Экспериментальная процедура scRNA-Seq на примере 10x Chromium
11.45 – 12.00 Перерыв
12:00 – 14:00 Основные отличия анализа scRNA-Seq от bulk RNA-Seq. Экосистема scanpy для анализа данных scRNA-Seq: от контроля качества до получения кластеров
14.00 – 15.00 Обеденный перерыв
15:00 – 16:30 Мануальное и автоматическое определение типов клеток
16.30 –16.45 Перерыв
16:45 – 18:00 Обзор возможностей углубленного анализаАнализ данных РНК секвенирования
18:00-18:45 Тестирование