Расписание
  • Учебные дни: 27 января - 01 февраля
  • Занятия начинаются в 10.00 и заканчиваются в 18.00
  • Обед с 14:00 до 15:00 (время обеда ориентировочное)
Пятница,
27 января

  • 10:00 - 16:00 Поколения секвенирования. Секвенирование по Сенгеру (преподаватель Логачева Мария)
  • Illumina - принцип, развитие, линейка приборов
  • Полупроводниковое секвенирование: принцип, возможности, приборы
  • Секвенирование на платформе MGI: принцип, развитие, приборы
  • Мономолекулярное секвенирование
  • Мономолекулярное секвенирование на платформе Pacific Biosciences - принцип, развитие, возможности
  • Мономолекулярное секвенирование на платформе Oxford Nanopore - принцип, развитие, возможности
  • Области применения NGS
  • Де ново сборка геномов
  • Полногеномное ресеквенирование
  • Таргетное ресеквенирование
  • Регуляторная геномика: ДНК-белковые взаимодействия, взаимодействия ДНК-ДНК и ДНК-РНК, структура хроматина
  • Эпигенетика
  • Палеогеномика
  • Применение NGS в медицине
  • Применение NGS в криминалистике
  • Ошибки и проблемы NGS
  • Измерение качества секвенирования. Формат fastq
  • Платформо-специфичные ошибки: Illumina
  • Платформо-специфичные ошибки: 454 и полупроводниковое секвенирование
  • Платформо-специфичные ошибки: нанопоровое секвенирование
  • 16.00-16.20 Перерыв
  • 16:20 - 18:00 Основные этапы пробоподготовки для геномного секвенирования и RNAseq (преподаватель Мацвай Алина)
  • Основы пробоподготовки для разных платформ секвенирования
  • Необходимое оборудование и реагенты
  • Выделение ДНК и РНК
  • Очистка. Удаление рибосомальной РНК
  • Подготовка библиотек (фрагментирование, тагментация)
Суббота,
28 января
10:00 - 10:15 Сбор, знакомство, представление (преподаватель Айгинин Андрей)
10:15 - 11:45 Введение в Linux
  • Работа в командной строке
  • Удаленный доступ
  • Просмотр и редактирование файлов
11:45 - 12:00 Перерыв
12:00 - 14:00 Введение в Linux
  • Практическая работа
14:00 - 15:00 Перерыв на обед
15:00 - 16:30 Анализ данных ngs
  • Структура “сырых” данных секвенирования
  • Работа с файлами FastQ: оценка качества, исправление и удаление ошибок
  • Картирование, глубина покрытия
  • Базы данных геномов (NCBI Nucleotide, GISAID, VIPR и др.)
  • Практическая работа
16:30 - 16:45 Перерыв
16:45 - 18:00 Анализ данных ngs
Воскресенье,
29 января

10:00 - 10:15 Сбор, знакомство, представление (преподаватель Айгинин Андрей)
10:15 - 11:45 Анализ данных ngs
  • Практическая работа
11:45 - 12:00 Перерыв
12:00 - 14:00 Анализ данных ngs
  • Практическая работа
14:00 - 15:00 Перерыв на обед
15:00 - 16:30 Поиск и аннотация точечных мутаций (теория)
  • Изучение точечных мутаций в биомедицине
  • Типы мутаций и их фенотипические проявления
  • Базы данных для аннотирования хот-спотов: SNP и инделов
  • Технологии определения точечных мутаций при помощи NGS
16:30 - 16:45 Перерыв
16:45 - 18:00 Поиск и аннотация точечных мутаций
  • Работа в фреймворке Galaxy
  • Практическая работа
Понедельник,
30 января
10:00 - 10:15 Сбор, знакомство, представление (преподаватель Мацвай Алина)
10:15 - 12:15 Метагеномика и полногеномное секвенирование, особенности пробоподготовки и анализ данных
  • Метагеномное секвенирование и метабаркодинг: особенности подхода, области применения
  • Пробоподготовка для секвенирования метагеномов
  • Анализ данных метагеномов:
- Алгоритмы таксономической идентификации
- Базы данных для анализа метагеномов
- Оценка “значимости” результата
  • Полногеномное секвенирование: особенности подхода, области применения
Пробоподготовка для полногеномного секвенирования
12:15 - 12:30 Перерыв
12:30 - 13:15 Анализа данных полногеномного секвенирования
  • Сборка геномов по референсу
  • Сборка геномов de-novo- На примере вирусных геномов:
13:15 - 14:00 Проверка качества сборки
  • Аннотация генома, поиск открытых рамок считывания
  • Филогенетический анализ
14:00 - 15:00 Перерыв на обед
15:00 - 16:45 Практическая работа
16:45 - 17:00 Перерыв
17:00 - 18:00 Практическая работа
Вторник
31 января
10:00 - 10:15 Сбор, знакомство, представление
10:15 - 12:15 Применение NGS в онкологии. Аннотация и интерпретация выявленных вариантов (преподаватель Баринов Алексей)
  • Критерии оценки патогенности вариантов
  • Аннотирование вариантов Annovar
  • Поиск и фильтрация вариантов с клинической значимостью
12:15 - 12:30 Перерыв
12:30 - 14:00 Применение NGS в онкологии
  • Практическая работа
14:00 - 15:00 Перерыв на обед
15:00 - 16.30 Анализ альтернативного сплайсинга (преподаватель Дайниченко Ксения)
  • Применение анализа альтернативного сплайсинга для решения
  • биомедицинских задач
  • Методы анализа альтернативного сплайсинга
  • Практическая работа
16:30 - 16:45 Перерыв
16:45 - 18:00 Aнализ альтернативного сплайсинга
  • Практическая работа
Среда,
01 февраля
10:00 - 10:15 Сбор, знакомство, представление
10:15 - 12:15 Анализ экспрессии генов (преподаватель Дайниченко Ксения)
· RNAseq. Особенности подхода, структура данных
· Картирование ридов
· Квантификация и нормализация данных
· Дифференциальный анализ экспрессии генов
· Биологические пути и Энричмент-анализ
· Визуализация результатов
12:15 - 12:30 Перерыв
12:30 - 13:00 Работа в R (Rstudio)
13:00 - 14:00 Анализ экспрессии генов (преподаватель Дайниченко Ксения)
· Практическая работа
14:00-15.00-Перерыв на обед
15:00 - 16.30 Анализ экспрессии генов
  • Практическая работа
16:30 - 16:45 Перерыв
16:45 - 17:30 Тестирование
17:30- 18.00 Закрытие курса, вручение удостоверений