10:00 - 10:15 Сбор, знакомство, представление (преподаватель Мацвай Алина) 10:15 - 12:15 Метагеномика и полногеномное секвенирование, особенности пробоподготовки и анализ данных
Метагеномное секвенирование и метабаркодинг: особенности подхода, области применения
Пробоподготовка для секвенирования метагеномов
Анализ данных метагеномов:
- Алгоритмы таксономической идентификации - Базы данных для анализа метагеномов - Оценка “значимости” результата
Полногеномное секвенирование: особенности подхода, области применения
- Пробоподготовка для полногеномного секвенирования 12:15 - 12:30 Перерыв 12:30 - 13:15 Анализа данных полногеномного секвенирования
Сборка геномов по референсу
Сборка геномов de-novo- На примере вирусных геномов:
13:15 - 14:00 Проверка качества сборки
Аннотация генома, поиск открытых рамок считывания
Филогенетический анализ
14:00 - 15:00 Перерыв на обед 15:00 - 16:45 Практическая работа 16:45 - 17:00 Перерыв 17:00 - 18:00 Практическая работа
Вторник 31 января
10:00 - 10:15 Сбор, знакомство, представление 10:15 - 12:15 Применение NGS в онкологии. Аннотация и интерпретация выявленных вариантов (преподаватель Баринов Алексей)
Критерии оценки патогенности вариантов
Аннотирование вариантов Annovar
Поиск и фильтрация вариантов с клинической значимостью
12:15 - 12:30 Перерыв 12:30 - 14:00 Применение NGS в онкологии
Практическая работа
14:00 - 15:00 Перерыв на обед 15:00 - 16.30 Анализ альтернативного сплайсинга (преподаватель Дайниченко Ксения)
Применение анализа альтернативного сплайсинга для решения
10:00 - 10:15 Сбор, знакомство, представление 10:15 - 12:15 Анализ экспрессии генов (преподаватель Дайниченко Ксения) · RNAseq. Особенности подхода, структура данных · Картирование ридов · Квантификация и нормализация данных · Дифференциальный анализ экспрессии генов · Биологические пути и Энричмент-анализ · Визуализация результатов 12:15 - 12:30 Перерыв 12:30 - 13:00 Работа в R (Rstudio) 13:00 - 14:00 Анализ экспрессии генов (преподаватель Дайниченко Ксения) · Практическая работа 14:00-15.00-Перерыв на обед 15:00 - 16.30 Анализ экспрессии генов