Расписание
  • Учебные дни: 15-20 сентября
  • Занятия начинаются в 10.00 (мск) и заканчиваются в 18.00 (мск)
  • Обед с 14:00 (мск) до 15:00(мск) - время обеда ориентировочное
Пятница,
15 сентября

Обзор технологий секвенирования
Преподаватель - Мацвай Алина
10.00-10.10 Сбор, знакомство, представление
10.10 -11.45 Лекция 1
Введение, история развития технологий
– От Менделя до секвенирования биомолекул
– Разработки Сенгера, Максама и Гилберта
• Технологии секвенирования
– Метод необратимых терминаторов – секвенирование по Сенгеру
– Недостатки технологий первого поколения
– Секвенирующие платформы второго поколения
– Технология Solexa (Illumina), принцип работы, особенности, специфические ошибки, линейка приборов
11.45-12.00 Перерыв
12.00-14.00 Полупроводниковое секвенирование – Ion Torrent, принцип работы, особенности, специфические ошибки
– Технология ДНК-наноболов – BGI/MGI, принцип работы, особенности, линейка приборов
– Недостатки технологий второго поколения
– Третье поколение технологий
– PacBio, принцип работы, особенности, линейка приборов
– ONT, принцип работы, особенности, линейка приборов, портативные устройства
– Три поколения технологий
14.00-15.00 Обеденный перерыв
15:00-16:30 Лекция 2
• Применение технологий высокопроизводительного секвенирования
– Полногеномное секвенирование de novo
– Полногеномное ресеквенирование
– Таргетное ресеквенирование
16.30-16.45 Перерыв
16.45-18.00 - Транскриптомика
– Эпигенетика
– Метагеномика
– Палеогеномика
Суббота
16 сентября
Введение в Linux
Преподаватель - Андрей Айгинин (онлайн)
10.00-10.10 Сбор, обсуждение вопросов
10.10- 11.45 Работа в командной строке
Просмотр и редактирование файлов
11.45-12.00 Перерыв
12.00-14.00 Написание и запуск bash скриптов
Практическая работа
14.00-15.00 Обеденный перерыв
15:00-16:30 Анализ данных NGS
Структура “сырых” данных секвенирования
Работа с файлами FastQ: оценка качества, исправление и удаление ошибок
Картирование, глубина покрытия
Базы данных геномов (NCBI Nucleotide, GISAID, VIPR и т.п.)
16:30 -16:45 Перерыв
16:45 -18:00 Практическая работа

Воскресенье,
17 сентября

Анализ данных NGS (продолжение)
Преподаватель - Андрей Айгинин (онлайн)
10.00-10.10 Сбор, обсуждение вопросов
10.10- 11.45 Продолжение практической работы
Разбор домашних заданий
Поиск и аннотация точечных мутаций
11.45-12.00 Перерыв
12.00-14.00 Изучение точечных мутаций в биомедицине
14.00-15.00 Обеденный перерыв
15:00-16:30 Типы мутаций и их фенотипические проявления
Базы данных для аннотирования хот-спотов: SNP и инделов
16:30 -16:45 Перерыв
16:45 -18:00 Технологии определения точечных мутаций при помощи NGS.
Практическая работа





Понедельник,
18 сентября
Метагеномика и полногеномное секвенирование, особенности пробоподготовки и анализ данных
Преподаватель - Мацвай Алина
10.00-10.10 Сбор, обсуждение вопросов
10.10- 11.45 Метагеномное секвенирование и метабаркодинг: особенности подхода, области применения
Пробоподготовка для секвенирования метагеномов
Анализ данных метагеномов:
－ Алгоритмы таксономической идентификации
－ Базы данных для анализа метагеномов
－ Оценка “значимости” результата
Практическая работа
11.45-12.00 Перерыв
12.00-14.00 Анализ данных полногеномного секвенирования
Полногеномное секвенирование: особенности подхода, области применения
Сборка геномов по референсу
Практическая работа
14.00-15.00 Обеденный перерыв
15:00-16:30 Сборка геномов de-novo- На примере вирусных геномов, Проверка качества сборки
Аннотация генома, поиск открытых рамок считывания
Филогенетический анализ
16:30 -16:45 Перерыв
16:45 -18:00 Практическая работа
Вторник,
19 сентября
Применение NGS в онкологии. Аннотация и интерпретация выявленных вариантов
Преподаватель - Баринов Алексей
10.00-10.10 Сбор, обсуждение вопросов
10.10- 11.45 Критерии оценки патогенности вариантов
Аннотирование вариантов open-cravat
11.45-12.00 Перерыв
12.00-14.00 Поиск и фильтрация вариантов с клинической значимостью
Практическая работа
14.00-15.00 Обеденный перерыв
15:00-16:30 Анализ альтернативного сплайсинга
Преподаватель - Дейниченко Ксения
Применение анализа альтернативного сплайсинга для решения
биомедицинских задач
Методы анализа альтернативного сплайсинга
16:30 -16:45 Перерыв
16:45 -18:00 Практическая работа
Среда,
20 сентября
Преподаватель - Дейниченко Ксения
10.00-10.10 Сбор, обсуждение вопросов
10.10- 11.45 RNAseq. Особенности подхода, структура данных
Картирование ридов
11.45-12.00 Перерыв
12.00-14.00 Квантификация и нормализация данных
14.00-15.00 Обеденный перерыв
15:00-17:00 Дифференциальный анализ экспрессии генов
Биологические пути и enrichment-анализ
Визуализация результатов
Практическая работа
17.00 -18:00 Тестирование. Завершение курса