Курс NGS

Company

Телефон: +7 (495) 135 12 40

Курс повышения квалификации

Место проведения:
Технопарк Medtech.Moscow, конференц-зал
(Пр-т Вернадского, 96, м.Тропарёво)

Введение в технологии NGS.
Работа с данными
секвенирования

После окончания курса выдаётся
удостоверение установленного образца
Лицензия № Л035−1 298−77/607 139 от 12.08.2022

ЗАПИСАТЬСЯ НА КУРС

Даты проведения:

*Финальный набор
в 2023 году

Открыт набор
на шестой поток

15-20 сентября*

Очно и Онлайн

В современном научном мире технологии секвенирования являются неотъемлемой частью исследований в области молекулярной биологии, биомедицины и биотехнологии. Для того, чтобы начать успешно использовать результаты секвенирования в своей работе, необходимо научиться применять стандартные подходы для их анализа, и иметь представление о методах обработки “сырых” данных. Даже если вы не планируете покупать дорогостоящее оборудование и самостоятельно проводить секвенирование, навыки, приобретенные на нашем курсе, дадут вам возможность работать с результатами из баз данных или полученными от контрактных организаций, занимающихся секвенированием.

Актуальность

Увеличили время для обсуждения практических вопросов применения технологий секвенирования Illumina, PacBio и Nanopore в первый день обучения

Время для обсуждения

Сервис Galaxy

Добавили в программу знакомство с сервисом Galaxy для анализа результатов секвенирования при помощи стандартных протоколов «Online» без использования собственных серверов

ПО по анализу RNAseq

Оптимизировали рабочую программу по анализу экспрессии генов (RNAseq)

Практикум по Linux

Адаптировали практикум по работе с Linux для улучшения восприятия участниками с минимальным опытом работы

Что будет в программе

Практический курс специально разработан для слушателей, не имеющих большого опыта практической работы с данными секвенирования, но желающих применять анализ таких данных в своей профессиональной и научной деятельности.

Анализ результатов NGS

Включили новый практикум по медицинской интерпретации выявленных вариантов при анализе результатов NGS в области онкологии

5

2

3

4

1

Курс для всех, кто знаком с основами молекулярной биологии и хочет освоить технологии NGS и обработку полученных данных, а также научиться применять эти навыки для решения собственных рабочих задач.

Для чего нужен этот курс

Аспиранты, исследователи

Сотрудники технологических и коммерческих компаний, занятые в области молекулярной биологии

Желающие расширить свои теоретические знания в области секвенирования и получить практические навыки работы с реальными данными

Аудитория курса

Программа курса

1.Обзор технологий секвенирования, их принципов, возможностей и платформо-специфичных ошибок
(преподаватель: Мацвай Алина)

Поколения секвенирования. Секвенирование по Сенгеру
Illumina - принцип, развитие, линейка приборов
Полупроводниковое секвенирование: принцип, возможности, приборы
Секвенирование на платформе MGI: принцип, развитие, приборы
Мономолекулярное секвенирование
Мономолекулярное секвенирование на платформе Pacific Biosciences - принцип, развитие, возможности
Мономолекулярное секвенирование на платформе Oxford Nanopore - принцип, развитие, возможности
Области применения NGS
Де ново сборка геномов
Полногеномное ресеквенирование
Таргетное ресеквенирование
Регуляторная геномика: ДНК-белковые взаимодействия, взаимодействия ДНК-ДНК и ДНК-РНК, структура хроматина
Эпигенетика
Палеогеномика
Применение NGS в медицине
Применение NGS в криминалистике
Ошибки и проблемы NGS
Измерение качества секвенирования. Формат fastq
Платформо-специфичные ошибки: Illumina
Платформо-специфичные ошибки: 454 и полупроводниковое секвенирование
Платформо-специфичные ошибки: нанопоровое секвенирование

2.Пробоподготовка для секвенирования NGS (преподаватель: Мацвай Алина)

Основные этапы пробоподготовки для геномного секвенирования и RNAseq
Основы пробоподготовки для разных платформ секвенирования
Необходимое оборудование и реагенты
Выделение ДНК и РНК
Очистка. Удаление рибосомальной РНК
Подготовка библиотек (фрагментирование, тагментация)

3.Введение в Linux (преподаватель Щербинин Дмитрий)

Принципы организации файловой системы Linux

Перечень навыков и знаний, которые желательны при прохождении курса

Проводить обработку и анализ "сырых" данных секвенирования

Работать в командной строке Linux и Rstudio

Обрабатывать данные RNAseq

Проводить статистический анализ экспрессии генов

Осуществлять поиск точечных мутаций и выявлять их фенотипические проявления

Картировать риды на геном и транскриптом

Определять дифференциально экспрессируемые гены

Использовать доступные онлайн-сервисы и базы данных для поиска и анализа результатов секвенирования

По окончании курса вы сможете:

Логачева Мария

Дейниченко Ксения

Айгинин Андрей

Баринов Алексей

Мацвай Алина

Щербинин Дмитрий

Курс читают

Отзывы о курсе

Понравилось ВСЁ! Наконец-то ожидания и реальность полностью совпали! Было очень приятно, что организован курс был безупречно (доступ к серверу, контакт с преподавателями в режиме реального времени, рабочая тетрадь, хорошее качество звука и видео при трансляции и т.д.). Также очень рада, что не обманули по поводу уровня подготовки - курс действительно был ориентирован на начинающих. Очень помогло, что при выполнении заданий преподаватели дублировали команды в гугл-док. Это не только экономило время, но и давало возможность потом пройти те же шаги самостоятельно. Здорово, что теория сразу подкреплялась практикой. Кажется, что теперь общий подход к анализу тех или иных данных секвенирования уложился в голове. Безмерно благодарна всем!
Ирина Лисевич (Поток №2)
Понравились понятные объяснения материала, очень хорошие введения в линукс и NGS в целом, готовность преподавателей отвечать на вопросы, показывание онлайн-ресурсов, не требующих использования командной строки, включение в программу курса по сути всех современных задач, которые можно решать с помощью NGS, наличие тетради с распечаткой слайдов с важной информацией (без которой с тем же линуксом было бы совсем сложно работать), место проведения, получение официального сертификата о повышении квалификации, организация курса в целом. Буду активно рекомендовать курс знакомым, которые хотят погрузиться в тему NGS.
Ольга Ракитина (Поток №2)
Понравились программа , отзывчивость лекторов и технической поддержки, качество подготовки к курсу.
Анастасия Жевлова (Поток №2)
Курс соответствовал моим ожиданиям. Показали как проводить первичную обработку данных после секвенирования.
Олеся Белопольская (Поток №2)
Атмосфера всеобщего воодушевления :-) Ответственный подход преподавателей и организаторов к учебному процессу. Широта рассматривавшихся на занятиях вопросов.
Олег Фоменко (Поток №2)
Понравились упор на практику, что разбирались реальные рабочие процессы и случаи, преподаватели делились собственным опытом. Курс не был пересказом учебника по NGS.
Юлия Савочкина (Поток №2)
Много полезной информации. Разбор полных пайпланов от получения данных до окончательных результатов. Возможность все от начала и до конца попробовать сделать самостоятельно.
Анна Аксенова (Поток №2)
Огромное количество полезного материала, как теоретического, так и практического (программы, ссылки, учебники).
Игорь Литау (Поток №1)
Понравилось, что охватили большую часть задач, которые можно решать с помощью NGS, что организаторы во всем помогали, и терпеливо отвечали на все наши тупые вопросы по установке программ. Организация курса вообще была на высоте: кофе брейки, трансляции, подробное сопровождение и ответы в чате даже в 11 вечера:) Спасибо!
Лия Кондарьева (Поток №1)
Открытость и отзывчивость преподавателей и технического персонала (за круглосуточную коммуникацию и помощь в телеграмм-канале отдельное спасибо). Актуальные и интересные тематики лекционных и практических (преимущественно) занятий. Идея совмещать тетрадь для записей с информационной "выжимкой" - удобно и практично. На самом деле можно бесконечно перечислять все достоинства курса, так что тезисно ограничимся этими важными пунктами.
Михаил Подлуцкий (Поток №1)