Памятка участника
📅 С 20 сентября по 5 октября
⌚ По выходным с 10:00 до 18:00
⌚ По выходным с 10:00 до 18:00
Координаторы курса
Задайте свои вопросы нашей команде, которая всегда готова прийти на помощь. Также вы можете задавать вопросы в чате курса.
Савелий Кауртаев
Ольга Стукалова
Программа курса:
Каждый день предусмотрены перерывы: на обед с 14:00 до 15:00 (по мск) и два небольших перерыва по 15−20 мин на кофе-брейк
20 сентября (суббота)
20 сентября (суббота)
1.Обзор технологий секвенирования
- Поколения секвенирования и методы второго поколения: Включает обзор поколений (с Sanger), принципы, развитие и приборы Illumina, полупроводникового секвенирования (включая 454) и платформы MGI.
- Методы третьего поколения (мономолекулярное секвенирование): Описание принципов, развития и возможностей платформ Pacific Biosciences и Oxford Nanopore.
- Области применения NGS: Де novo сборка геномов, полногеномное и таргетное ресеквенирование, регуляторная геномика (ДНК-белковые, ДНК-ДНК/РНК взаимодействия, структура хроматина), эпигенетика, палеогеномика, применение в медицине и криминалистике.
- Ошибки, проблемы и качество NGS: Общие ошибки и проблемы, измерение качества (формат fastq), платформо-специфичные ошибки для Illumina, полупроводникового/454, нанопорового секвенирования.
- Пробоподготовка для секвенирования NGS: Основные этапы для геномного секвенирования и RNAseq, основы для разных платформ, необходимое оборудование и реагенты, выделение ДНК/РНК, очистка (удаление рибосомальной РНК), подготовка библиотек (фрагментирование, тагментация).
21 сентября (воскресенье)
21 сентября (воскресенье)
Введение в Linux и анализ данных NGS
1. Введение в Linux
- Работа в командной строке
- Просмотр и редактирование файлов
- Написание и запуск bash скриптов
- Практическая работа
- Структура «сырых» данных секвенирования
- Работа с файлами FastQ: оценка качества, исправление и удаление ошибок
- Картирование, глубина покрытия
- Базы данных геномов (NCBI Nucleotide, GISAID, VIPR и т. п.)
- Практическая работа
27 сентября (суббота)
27 сентября (суббота)
Анализ NGS данных, поиск и аннотация точечных мутаций
1. Анализ данных NGS
- Продолжение практической работы
- Разбор домашних заданий
- Поиск вариантов, получение файлов в формате vcf
- Фильтрация vcf файлов
- Сервис Galaxy для поиска точечных вариантов
- Программа blast для поиска гомологичных последовательностей
- Практическая работа
28 сентября (воскресенье)
28 сентября (воскресенье)
Метагеномика и полногеномное секвенирование, особенности пробоподготовки и анализ данных
1. Пробоподготовка для секвенирования метагеномов
2. Анализ данных метагеномов
3. Анализ данных полногеномного секвенирования
4. На примере вирусных геномов
2. Анализ данных метагеномов
- Алгоритмы таксономической идентификации
- Базы данных для анализа метагеномов
- Оценка «значимости» результата
- Полногеномное секвенирование: особенности подхода, области
- применения
- Пробоподготовка для полногеномного секвенирования
3. Анализ данных полногеномного секвенирования
- Сборка геномов по референсу
- Настройки параметров сборки
4. На примере вирусных геномов
- Проверка качества сборки
- Аннотация генома, поиск открытых рамок считывания
- Филогенетический анализ
4 октября (суббота)
4 октября (суббота)
Применение результатов NGS секвенирования в онкологии. Анализа альтернативного сплайсинга
1. Применение NGS в онкологии. Аннотация и интерпретация выявленных вариантов
- Критерии оценки патогенности вариантов
- Аннотирование вариантов open-cravat
- Поиск и фильтрация вариантов с клинической значимостью
- Практическая работа
- Применение анализа альтернативного сплайсинга для решения биомедицинских задач
- Методы анализа альтернативного сплайсинга
- Практическая работа
5 октября (воскресенье)
5 октября (воскресенье)
Анализ экспрессии генов
- RNAseq. Особенности подхода, структура данных
- Картирование ридов
- Квантификация и нормализация данных
- Дифференциальный анализ экспрессии генов
- Биологические пути и enrichment-анализ
- Визуализация результатов
- Практическая работа
Что необходимо сделать к началу занятий?
Внимание! Операционная система на ноутбуке/компьютере может быть любой
1. Установите Telegram на ПК отдельным приложением
2. Вступите в Telegram чат курса
3. Установите на ПК Java
4. Установите на ПК программу ICS
5. Установите на ПК программу Snapgene
6. Установите на ПК программу
Open-cravat (инструкция здесь)
Open-cravat (инструкция здесь)
6. Установите на ПК программу Jalview
На странице необходимо ввести почту и нажать на «Download». Почту можно указать любую — подтверждение не понадобится
Где будут проходить обучение?
Обучение будет проходить на платформе
mts-link.ru
mts-link.ru
20 сентября (суббота) комната на платформе mts-link будет открыта с 9:30 (по мск). Ссылки на подключения будут публиковаться в чат курса в Telegram в день подключения
Доступ к материалам курса
Весь курс мы предоставим Вам в записи. После каждого дня обучения будем присылать ссылку на запись и презентации на диске. Также в чат ТГ мы дублируем все важные моменты на курсе. Мы гарантируем доступ к материалу в течение года.