Добрый день!
Памятка участника

Координаторы курса:

Ольга Стукалова: +7-964-703-04-04;

Злата Полева: +7-914-673-64-27

По срочным вопросам звоните или пишите в Telegram/Watsapp


  • Учебные дни: 14-18 апреля
  • 18 апреля состоится итоговое тестирование по пройденному материалу
  • Занятия начинается с 10.00 (мск) и заканчиваются в 14.00 (мск)
  • Все дни с Вами будет работать Teaching assistants и Техническая поддержка - они помогут настроить ПО, ответят на все ваши вопросы в ходе обучения.
Доступ на сервер
Программа курса:
14 апреля (понедельник).

Принципы технологии, бейзколлинг и контроль качества

  • Краткая лекция о технологии и особенностях данных
  • Выполнение бейзколлинга в dorado
  • Контроль качества с помощью nanoQC
  • Разбор заголовков сырых данных

15 апреля (вторник).

Выравнивание на геном и детекция генетических вариантов

  • Вводные слова о выравнивании длинных прочтений
  • Картирование данных на бактериальный геном
  • Простейшие операции с помощью samtools
  • Детекция генетических вариантов с помощью medaka
  • Просмотр результатов в геномном браузере IGV


16 апреля (среда).

Сборка генома, просмотр сборки и использование "полировки"

  • Вводные слова о сборках геномов на длинных прочтениях
  • Сборка бактериальных данных с помощью Flye
  • Выполнение "полировки" с помощью medaka
  • Визуальный анализ результатов в Bandage


17 апреля (четверг).

Классификация прочтений, практические примеры на двух объектах

  • Вводные слова о классификации прочтений и подводных камнях
  • Запуск Kraken2 на модельной смеси и бактериальном геноме
  • Разбор результатов и объяснение особенностей

18 апреля (пятница).

Метилирование, дуплекс, фильтрация и другие продвинутые операции с прочтениями

  • Вводные слова про продвинутый функционал бейзколлера, pod5 API и modkit
  • Проведение бейзколлинга с метилированием
  • Картирование и просмотр метилирования в IGV
  • Базовые операции с метилированием в modkit
  • Выборки ридов с помощью инструментария pod5
  • Запуск дуплексного бейзколлинга
  • Сравнение HAC, SUP и дуплекса для сегмента генома
Итоговое тестирование по темам курса.
Общая информация:
Что необходимо сделать к началу занятий:
  • Добавьтесь в Telegram-чат
  • Просим установить отдельным приложением Telegram на ноутбук/компьютер, все вопросы Вы будете задавать в этом чате, а мы делиться с Вами презентациями и полезными ссылками.
  • Установить на ноутбук следующие программы:
1) Программа для визуализация данных секвенирования РНК -- IGV :
https://igv.org/download/html/oldtempfixForDownload.html

2) Просмотрщик графов Bandage:
https://rrwick.github.io/Bandage/

Внимание! Операционная система на ноутбуке/компьютере может быть любой
Запись курса:
Весь курс мы предоставим Вам в записи. После каждого дня обучения будем присылать ссылку на запись и презентации на диске. Также в чат ТГ мы дублируем все важные моменты на курсе.
Подключение для участников:
  • Обучение будет проходить на платформе mts-link.ru. Ссылки на подключения будут опубликована в чате курса.
Тестовое подключение для слушателей:
  • 14 апреля (понедельник) комната на платформе mts-link будет открыта с 9:30 (по мск). Ссылка будет отправлена в чат ТГ в день подключения