Памятка участника
📅 С 8 по 12 сентября
⌚ С 10:00 до 14:00 по мск
⌚ С 10:00 до 14:00 по мск
Координаторы курса
Задайте свои вопросы нашей команде, которая всегда готова прийти на помощь. Также вы можете задавать вопросы в чате курса.
Савелий Кауртаев
Ольга Стукалова
Программа курса:
14 апреля (понедельник)
14 апреля (понедельник)
Принципы технологии, бейзколлинг
и контроль качества
и контроль качества
- Краткая лекция о технологии и особенностях данных
- Выполнение бейзколлинга в dorado
- Контроль качества с помощью nanoQC
- Разбор заголовков сырых данных
15 апреля (вторник)
15 апреля (вторник)
Выравнивание на геном
и детекция генетических вариантов
и детекция генетических вариантов
- Вводные слова о выравнивании длинных прочтений
- Картирование данных на бактериальный геном
- Простейшие операции с помощью samtools
- Детекция генетических вариантов с помощью medaka
- Просмотр результатов в геномном браузере IGV
16 апреля (среда)
16 апреля (среда)
Сборка генома, просмотр сборки
и использование "полировки"
и использование "полировки"
- Вводные слова о сборках геномов на длинных прочтениях
- Сборка бактериальных данных с помощью Flye
- Выполнение "полировки" с помощью medaka
- Визуальный анализ результатов в Bandage
17 апреля (четверг)
17 апреля (четверг)
Классификация прочтений, практические
примеры на двух объектах
примеры на двух объектах
- Вводные слова о классификации прочтений и подводных камнях
- Запуск Kraken2 на модельной смеси и бактериальном геноме
- Разбор результатов и объяснение особенностей
18 апреля (пятница)
18 апреля (пятница)
Метилирование, дуплекс, фильтрация
и другие продвинутые операции с прочтениями
и другие продвинутые операции с прочтениями
- Вводные слова про продвинутый функционал бейзколлера, pod5 API и modkit
- Проведение бейзколлинга с метилированием
- Картирование и просмотр метилирования в IGV
- Базовые операции с метилированием в modkit
- Выборки ридов с помощью инструментария pod5
- Запуск дуплексного бейзколлинга
- Сравнение HAC, SUP и дуплекса для сегмента генома
Что необходимо сделать к началу занятий?
Внимание! Операционная система на ноутбуке/компьютере может быть любой
1. Установите Telegram на ПК отдельным приложением
2. Вступите в Telegram чат курса
3. Установите на ПК программу для визуализации данных РНК — IGV
4. Установите на ПК просмотрщик графов – Bandage
Какой файл выбрать?
Выберите файл под вашу ОС: Windows, Linux или MacOS
Какой файл выбрать?
Выберите файл под вашу ОС: Windows, Linux или MacOS
Где будут проходить обучение?
Обучение будет проходить на платформе
mts-link.ru
mts-link.ru
8 сентября (понедельник) комната на платформе mts-link будет открыта с 9:30 (по мск). Ссылки на подключения будут публиковаться в чат курса в Telegram в день подключения
Доступ к материалам курса
Весь курс мы предоставим Вам в записи. После каждого дня обучения будем присылать ссылку на запись и презентации на диске. Также в чат ТГ мы дублируем все важные моменты на курсе. Мы гарантируем доступ к материалу в течение года.