Введение в биоинформатику нанопорового секвенирования
Курс повышения квалификации
Открыта предзапись!
2025 г.
2025 г.
удостоверение установленного образца
Лицензия № Л035−1 298−77/607 139 от 12.08.2022
14-18 апреля 2025г.
10.00-14.00
Нанопоровое секвенирование быстро расширяет свою роль во всевозможных исследовательных направлениях биологического характера, потому актуальность и востребованность знаний по обработке таких данных постоянно растёт. Вдобавок для многих лабораторий именно нанопоровый секвенатор становится первым NGS устройством по причине доступности, а выделить штатного биоинформатика под это возможно далеко не всегда; поскольку секвенирование без обработки данных это почти ничто, а работать нужно - данный курс ориентирован на то, чтобы дать базовые знания о том, как начинать обрабатывать данные с секвенатора самостоятельно, какими путями решать свои задачи и что ещё можно узнать помимо ответов на поставленные вопросы.
Актуальность
1
4
3
2
5
6
Преобразование сырого сигнала в нуклеотиды в разных режимах и базовый контроль качества.
Бейзколлинг и QC
Выравнивание
на геном и генотипирование
на геном и генотипирование
Классический картировщик minimap2 и официальный medaka как детектор вариантов.
Сборка de novo и полировка
Ассеблер Flye для примере бактерииального генома с контролем при помощи Bandage и использование "полировки" для коррекции ошибок.
Классификация прочтений
Использование инструмента kraken2 для метагеномных задач.
Что будет в программе
Прикладной курс ориентирован на людей, с минимальным или отсутствующим опытом в обработке данных нанопорового секвенирования и самом секвенировании, но заинтересованными как в обработке таких данных, так и просто в секвенировании.
Продвинутые манипуляции
с сырыми данными
с сырыми данными
Детекция метилирования, дуплексный бейзколлинг и фильтрация сырых данных.
Свободные вопросы по биоинформатике
Возможность задать дополнительные вопросы как по теме занятия, так и касающиеся чисто вашего направления исследований.
Для чего нужен этот курс
Курс необходим для тех, кому необходимо работать с нанопоровым секвенированием, особенно тогда, когда секвенатор есть, а биоинформатика нет.
которые стремятся
к развитию в своей области и хотят расширить свои навыки
к развитию в своей области и хотят расширить свои навыки
которым необходимо выполнять профильные практические задачи поиска и идентификации
Сотрудники технологических и коммерческих компаний
Аспиранты
и молодые учёные
и молодые учёные
Микробиологи, специалисты КДЛ
и смежных областей
и смежных областей
Аудитория курса
занятые в области молекулярной биологии. Желающие расширить свои теоретические знания в области секвенирования и получить практические навыки работы с реальными данными.
Программа курса
- Краткая лекция о технологии и особенностях данных
- Выполнение бейзколлинга в dorado
- Контроль качества с помощью nanoQC
- Разбор заголовков сырых данных
- Вводные слова о выравнивании длинных прочтений
- Картирование данных на бактериальный геном
- Простейшие операции с помощью samtools
- Детекция генетических вариантов с помощью medaka
- Просмотр результатов в геномном браузере IGV
- Вводные слова о сборках геномов на длинных прочтениях
- Сборка бактериальных данных с помощью Flye
- Выполнение "полировки" с помощью medaka
- Визуальный анализ результатов в Bandage
- Вводные слова о классификации прочтений и подводных камнях
- Запуск Kraken2 на модельной смеси и бактериальном геноме
- Разбор результатов и объяснение особенностей
- Вводные слова про продвинутый функционал бейзколлера, pod5 API и modkit
- Проведение бейзколлинга с метилированием
- Картирование и просмотр метилирования в IGV
- Базовые операции с метилированием в modkit
- Выборки ридов с помощью инструментария pod5
- Запуск дуплексного бейзколлинга
- Сравнение HAC, SUP и дуплекса для сегмента генома
- Краткая лекция о технологии и особенностях данных
- Выполнение бейзколлинга в dorado
- Контроль качества с помощью nanoQC
- Разбор заголовков сырых данных
- Вводные слова о выравнивании длинных прочтений
- Картирование данных на бактериальный геном
- Простейшие операции с помощью samtools
- Детекция генетических вариантов с помощью medaka
- Просмотр результатов в геномном браузере IGV
- Вводные слова о сборках геномов на длинных прочтениях
- Сборка бактериальных данных с помощью Flye
- Выполнение "полировки" с помощью medaka
- Визуальный анализ результатов в Bandage
- Вводные слова о классификации прочтений и подводных камнях
- Запуск Kraken2 на модельной смеси и бактериальном геноме
- Разбор результатов и объяснение особенностей
- Вводные слова про продвинутый функционал бейзколлера, pod5 API и modkit
- Проведение бейзколлинга с метилированием
- Картирование и просмотр метилирования в IGV
- Базовые операции с метилированием в modkit
- Выборки ридов с помощью инструментария pod5
- Запуск дуплексного бейзколлинга
- Сравнение HAC, SUP и дуплекса для сегмента генома
Для более комфортного прохождения курса желательны следующие навыки и знания:
- Знание основ молекулярной биологии.
- Представление об NGS* и геномике.
- Умение читать техническую документацию на английском языке.
- Отсутствие сильного страха перед командной строкой.
- Понимание того, для чего нужен геномный браузер.
Настоятельно рекомендуется сначала пройти курс по основам обработки NGS*
Для выполнения практических задач вам понадобится компьютер.
Часть данных, получаемых во время занятия, необходимо будет просматривать локально на вашем компьютере, для этого необходимо предварительно установить себе геномный браузер IGV и средство визуализации геномных графов Bandage.
После регистрации вам будет направлен полный список необходимого ПО* с инструкцией по их установке.
*ПО не требует финансовых вложений
По окончании курса вы сможете:
Преобразовывать данные сигнала нанопорового секвенирования в подготовленные для последующих шагов прочтения
Оценивать наличие генетических вариантов при помощи длинных прочтений
Картировать длинные прочтения на референс
Выполнять базовую сборку генома de novo из длинных прочтений и пытаться её улучшать
Решать задачи метагеномики при помощи нанопорового секвенирования
Изучать модификации ДНК при помощи нанопорового секвенирования
Составлять сложные сценарии обработки и фильтрации данных нанопорового секвенирования
Сергей Евфратов
Курс читают
Стоимость курса
Онлайн обучение
Для физических лиц
Стоимость:
*Раннее бронирование до 31 марта
*Раннее бронирование до 31 марта
- 45 000 35 000
Записаться
Онлайн обучение
Для юридических лиц
Стоимость:
*Раннее бронирование до 31 марта
*Раннее бронирование до 31 марта
- 50 000 40 000
Записаться
Записаться на обучение
Согласие на обработку данных
О преподавателе
Специалист по Oxford Nanopore
О преподавателе
Выпускница НИУ ВШЭ, Аналитик ЦСП ФМБА РФ
О преподавателе
Выпускник МГУ им М.В. Ломоносова; биолог лаборатории молекулярной биологии Московской городской онкологической больницы №62 с опытом работы в онкогенетике более 10 лет; н.с. Государственного научного центра колопроктологии имени А.Н. Рыжих
О преподавателе
Биолог, кандидат биологических наук, старший преподаватель Центра наук о жизни Сколтеха, специалист по генетике растений
Записаться на курс
для прохождения курса вам необходимо заполнить заявку на участие,
с вами свяжется менеджер
с вами свяжется менеджер
Остались вопросы?
Оставьте контакты и мы Вам перезвоним или свяжитесь с нами по тел:
+7 (495) 135 12 40, +7 (925)097-50-00
Оставьте контакты и мы Вам перезвоним или свяжитесь с нами по тел:
+7 (495) 135 12 40, +7 (925)097-50-00
Остались вопросы?
Оставьте контакты и мы Вам перезвоним или свяжитесь с нами по тел:
+7 (495) 135 12 40,
+7 (925)097-50-00
Оставьте контакты и мы Вам перезвоним или свяжитесь с нами по тел:
+7 (495) 135 12 40,
+7 (925)097-50-00
Организаторы курса:
Акционерное общество «Сайенс Медиа Проджектс»
Юр.адрес: 129085, г.Москва, вн.тер.г. муниципальный округ Останкинский, ул. Годовикова, д. 9, стр. 9, этаж 2, пом./ком. I/5
ОГРН: 1187746923220 ИНН: 7702451857 КПП: 771701001
Юр.адрес: 129085, г.Москва, вн.тер.г. муниципальный округ Останкинский, ул. Годовикова, д. 9, стр. 9, этаж 2, пом./ком. I/5
ОГРН: 1187746923220 ИНН: 7702451857 КПП: 771701001