Курс повышения квалификации
Введение в биоинформатику нанопорового секвенирования
После окончания курса выдаётся
удостоверение установленного образца
Лицензия № Л035−1 298−77/607 139 от 12.08.2022
удостоверение установленного образца
Лицензия № Л035−1 298−77/607 139 от 12.08.2022
Открыта запись
- С 8 по 12 сентября
- Онлайн формат
- С 10:00 до 14:00
Актуальность
Нанопоровое секвенирование быстро расширяет свою роль во всевозможных исследовательных направлениях биологического характера, потому актуальность и востребованность знаний по обработке таких данных постоянно растёт. Вдобавок для многих лабораторий именно нанопоровый секвенатор становится первым NGS устройством по причине доступности, а выделить штатного биоинформатика под это возможно далеко не всегда; поскольку секвенирование без обработки данных это почти ничто, а работать нужно — данный курс ориентирован на то, чтобы дать базовые знания о том, как начинать обрабатывать данные с секвенатора самостоятельно, какими путями решать свои задачи и что ещё можно узнать помимо ответов на поставленные вопросы.
Что будет в программе
Прикладной курс ориентирован на людей, с минимальным или отсутствующим опытом в обработке данных нанопорового секвенирования и самом секвенировании, но заинтересованными как в обработке таких данных, так и просто в секвенировании.
Бейзколлинг и QC
Преобразование сырого сигнала в нуклеотиды в разных режимах и базовый контроль качества
Выравнивание на геном и генотипирование
Классический картировщик minimap2 и официальный medaka как детектор вариантов
Сборка de novo и полировка
Ассеблер Flye для примере бактерииального генома с контролем при помощи Bandage и использование «полировки» для коррекции ошибок
Классификация прочтений
Использование инструмента kraken2 для метагеномных задач
Продвинутые манипуляции с сырыми данными
Детекция метилирования, дуплексный бейзколлинг и фильтрация сырых данных
Свободные вопросы по биоинформатике
Возможность задать дополнительные вопросы как по теме занятия, так и касающиеся чисто вашего направления исследований
Для чего нужен этот курс
Курс необходим для тех, кому необходимо работать с нанопоровым секвенированием, особенно тогда, когда секвенатор есть, а биоинформатика нет.
Аудитория курса
-
Аспиранты и молодые учёныекоторые стремятся к развитию в своей области и хотят расширить свои навыки -
Сотрудники технологических и коммерческих компанийзанятые в области молекулярной биологии. Желающие расширить свои теоретические знания в области секвенирования и получить практические навыки работы с реальными данными. -
Микробиологи, специалисты КДЛ
и смежных областейкоторым необходимо выполнять профильные практические задачи поиска и идентификации
Программа курса
- Краткая лекция о технологии и особенностях данных
- Выполнение бейзколлинга в dorado
- Контроль качества с помощью nanoQC
- Разбор заголовков сырых данных
- Вводные слова о выравнивании длинных прочтений
- Картирование данных на бактериальный геном
- Простейшие операции с помощью samtools
- Детекция генетических вариантов с помощью medaka
- Просмотр результатов в геномном браузере IGV
- Вводные слова о сборках геномов на длинных прочтениях
- Сборка бактериальных данных с помощью Flye
- Выполнение «полировки» с помощью medaka
- Визуальный анализ результатов в Bandage
- Вводные слова о классификации прочтений и подводных камнях
- Запуск Kraken2 на модельной смеси и бактериальном геноме
- Разбор результатов и объяснение особенностей
- Вводные слова про продвинутый функционал бейзколлера, pod5 API и modkit
- Проведение бейзколлинга с метилированием
- Картирование и просмотр метилирования в IGV
- Базовые операции с метилированием в modkit
- Выборки ридов с помощью инструментария pod5
- Запуск дуплексного бейзколлинга
- Сравнение HAC, SUP и дуплекса для сегмента генома
Для более комфортного прохождения курса желательны следующие навыки и знания:
- Знание основ молекулярной биологии.
- Представление об NGS* и геномике.
- Умение читать техническую документацию на английском языке.
- Отсутствие сильного страха перед командной строкой.
- Понимание того, для чего нужен геномный браузер.
Настоятельно рекомендуется сначала пройти курс по основам обработки NGS*
Для выполнения практических задач вам понадобится компьютер.
Часть данных, получаемых во время занятия, необходимо будет просматривать локально на вашем компьютере, для этого необходимо предварительно установить себе геномный браузер IGV и средство визуализации геномных графов Bandage.
После регистрации вам будет направлен полный список необходимого ПО* с инструкцией по их установке.
*ПО не требует финансовых вложений
По окончании курса вы сможете:
Преобразовывать данные сигнала нанопорового секвенирования в подготовленные для последующих шагов прочтения
Картировать длинные прочтения на референс
Оценивать наличие генетических вариантов при помощи длинных прочтений
Решать задачи метагеномики при помощи нанопорового секвенирования
Выполнять базовую сборку генома de novo из длинных прочтений и пытаться её улучшать
Составлять сложные сценарии обработки и фильтрации данных нанопорового секвенирования
Изучать модификации ДНК при помощи нанопорового секвенирования
Сергей Евфратов
Курс читают
Стоимость курса
Для физических лиц
Есть беспроцентная рассрочка от Т-Банк
45000
р.
Для юридических лиц
50000
р.
Записаться на обучение
Согласие на обработку данных
О преподавателе
Специалист по Oxford Nanopore
О преподавателе
Выпускница НИУ ВШЭ, Аналитик ЦСП ФМБА РФ
О преподавателе
Выпускник МГУ им М.В. Ломоносова; биолог лаборатории молекулярной биологии Московской городской онкологической больницы №62 с опытом работы в онкогенетике более 10 лет; н.с. Государственного научного центра колопроктологии имени А.Н. Рыжих
О преподавателе
Биолог, кандидат биологических наук, старший преподаватель Центра наук о жизни Сколтеха, специалист по генетике растений
Записаться на курс
для прохождения курса вам необходимо заполнить заявку на участие,
с вами свяжется менеджер
с вами свяжется менеджер
Заполняя форму, вы принимаете условия договора оферты и даете
согласие на обработку своих персональных данных в соответствии с политикой конфиденциальности
согласие на обработку своих персональных данных в соответствии с политикой конфиденциальности
Остались вопросы?
Оставьте контакты и мы вам перезвоним. Или свяжитесь с нами по тел:
+7 (495) 135 12 40. Остались вопросы: info@pcr.news
Оставьте контакты и мы вам перезвоним. Или свяжитесь с нами по тел:
+7 (495) 135 12 40. Остались вопросы: info@pcr.news
Заполняя форму, вы принимаете условия договора оферты и даете
согласие на обработку своих персональных данных в соответствии с политикой конфиденциальности
согласие на обработку своих персональных данных в соответствии с политикой конфиденциальности
Организаторы курса:
Акционерное общество «Сайенс Медиа Проджектс»
Юр.адрес: 129085, г.Москва, вн.тер.г. муниципальный округ Останкинский, ул. Годовикова, д. 9, стр. 9, этаж 2, пом./ком. I/5
ОГРН: 1187746923220 ИНН: 7702451857 КПП: 771701001
Юр.адрес: 129085, г.Москва, вн.тер.г. муниципальный округ Останкинский, ул. Годовикова, д. 9, стр. 9, этаж 2, пом./ком. I/5
ОГРН: 1187746923220 ИНН: 7702451857 КПП: 771701001